Kooikerhondje dikembangkan di Belanda sebelum abad ke-16 untuk menjadi baka untuk mengumpan itik ke dalam perangkap - teknik yang juga dipanggil tolling. Ia digunakan untuk mengumpankan kooien (sangkar dalam bentuk terusan dengan perangkap di hujungnya), yang digunakan oleh pemburu (yang dipanggil kooiker) dapat semudahnya menangkap unggas. Anjing yang digunakan oleh kooiker untuk jenis teknik perburuan ini dirujuk sebagai Kooiker's hondje. Akhirnya ini membawa kepada panggilan kooikerhondje.[perlu rujukan]

Baka ini hampir menjadi pupus semasa Perang Dunia Kedua sehingga Baroness van Hardenbroek van Ammerstol menyelamatkannya. Baka ini hanya diiktiraf secara rasmi oleh Raad van Beheer,[9] iaitu Kelab Kenel Belanda, pada tahun 1971[10] dan sejak itu telah diimport ke negara lain dan diiktiraf secara rasmi. Baka ini masih agak tidak terkenal di Amerika Utara dan belum diiktiraf sebagai baka di Kanada, walaupun ia diterima ke dalam Program Khidmat Ternakan Asasi AKC,[11] pada tahun 2004. Baka ini dipindahkan ke dalam Kelas Lain-lain AKC pada 1 Julai 2015[12] sebagai persediaan untuk berpindah ke dalam Kumpulan Sukan setibanya pengiktirafan penuh.[13] Setakat 1 Jan 2018, kooikerhondje Beland telah diiktiraf sepenuhnya oleh American Kennel Club dan kini bertanding dalam Kumpulan Sukan. Di Amerika Syarikat, kedua-dua UKC dan ARBA mengiktiraf baka ini.

Di United Kingdom, baka ini telah dikeluarkan daripada senarai import dan kini layak untuk menyertai Crufts untuk anugerah Best in Show, walaupun hanya terdapat 76 ekor anjing baka ini di United Kingdom.

Pada Januari 2013, The Kennel Club mengumumkan bahawa pihaknya mengelaskan kooikerhondje semula daripada kumpulan gundog kepada kumpulan utiliti berkuat kuasa Januari 2014. Keputusan itu dicapai selepas perbincangan dengan kelab baka United Kingdom dan persetujuan sebulat suara dicapai.[14]

Sesetengah ahli sejarah[nyatakan menurut siapa?] percaya bahawa kooikerhondje mungkin memainkan peranan dalam perkembangan anjing pengutip pemburu itik Nova Scotia.[perlu rujukan]